塞替派的副作用包括骨髓抑制、惡心、嘔吐、脫發和皮炎等。

骨髓抑制是塞替派最常見的不良反應，通常出現在治療后的第4～8天，表現為白細胞減少和血小板減少。少部分病人可能會發生全血細胞減少持續6～7周，甚至出現再障貧血綜合征。同時，大約有50%的患者會出現脫發的情況。此外，部分患者在用藥初期會出現惡心、嘔吐等消化道反應。

由于存在個體差異，藥物反應可能不同，情況嚴重者建議及時就醫處理。